El estero solo es posible visitarlo alquilando una canoa a motor. Un viaje de tres horas para el avistamiento de aves como las garzas blanca, morena y rosada, pelícanos, fragatas, martín pescador y águila pescadora. Con buena suerte se podrían observar delfines pico de botella, cocodrilos e iguanas. Los botes se contratan a comuneros. Todos los visitantes deben ir acompañados por guías oficiales. El estero se halla dentro de la Reserva Ecológica Manglares Churute, creada el 26 de Julio de 1979.

Los invertebrados más comunes del estero y el manglar son los cangrejos rojos y los mejillones, recolectados por la población de los alrededores para venderlos en Guayaquil. Otras especies son el Cangrejo de Raíces de Manglar y el Cangrejo del Árbol de Manglar.

El importante aporte de las aguas del estero Churute dan vida al manglar, con un ecosistema costero muy productivo. Ecológicamente se considera a los manglares como los viveros de los océanos. De todos los manglares del Pacífico sudamericano, sólo los manglares en Ecuador son accesibles al público.

Estero y manglares son parte del estuario interior del Golfo de Guayaquil y la cuenca baja del río Guayas. Aquí se mezclan las aguas saladas del océano y dulces de los ríos Taura, Churute, Cañar y Naranjal. El humedal de la laguna El Canclón es parte de la Reserva. La deforestación para construir camaroneras es la principal amenaza para Churute.

Los números dan cuenta de la vida que protege Churute: 450 especies de plantas, entre ellas, cinco especies de manglar y 25 especies de árboles maderables; 8 tipos de formaciones vegetales, 45 especies de mamíferos entre monos aulladores, monos cara blanca o micos, cusumbo, perezoso de dos uñas, ardilla sabanera de Guayaquil, murciélagos; 300 especies de aves; anfibios amenazados, iguanas, lagartijas y culebras. Alberga el bosque seco de la costa ecuatoriana, único en el mundo.