La altitud que alcanzan la cumbre de Los Illinizas permite la existencia de dos zonas bien marcadas: hacia el occidente, se trata de suelos y vegetación más húmedos, mientras que en las estribaciones que dan hacia el callejón interandino los suelos son más arenosos y con poca agua. En la reserva se puede observar ­ora y fauna, Los Illinizas, El Corazón, llamado así por su forma de corazón invertido.

Un volcán con dos cumbres, un cerro en forma de corazón y una laguna de color verde turquesa son los principales atractivos de esta reserva. De sus estribaciones nacen las vertientes para dos ríos importantes, el Toachi, que corre hacia el norte por un cañón de 40 metros de alto, y el Pilatón. Esto revela la importancia de los bosques nublados de esta reserva para la generación de agua de los poblados y ciudades cercanas.

La reserva está dividida en cuatro secciones y es posible que la haya visitado sin darse cuenta. La más grande incluye un bloque largo al oeste del Quilotoa, donde nacen las vertientes y riachuelos que agua abajo alimentarán al río Toachi. La segunda zona, ubicada al noreste, es el bloque donde están los Ilinizas (Illinizas Sur - Illinizas Norte) y el Corazón. El tercer bloque está al suroccidente, separado de la sección más grande por la carretera Latacunga – La Maná. El cuarto bloque es una especie de isla de 800 hectáreas que básicamente rodea la laguna del Quilotoa.